בחלל נפרד בירכתי המסעדה נמצאת החמארה, הבר של רפאל, שנפתחה בשנת 2004. החמארות המקוריות הן מאורות שתייה אופייניות לשווקי צפון אפריקה, בהן נאספים הגברים לשתות אלכוהול, לשחק שש-בש ולשוחח על ענייני היום. החמארה המהודרת של רפאל עוצבה על ידי אריק בן שמחון מתוך מחשבה על האווירה המיוחדת של החמארות במגרב ובשוק מחנה יהודה. כסאות הבר המרופדים, ספות הלאונג' הנמוכות והוילונות הכבדים עוצבו בהשראת היכלי התענוגות של סיפורי אלף לילה ולילה.

בצהרי היום מוגש בחמארה תפריט הצהריים של רפאל. החל משעות בין הערביים משנה החמארה את פניה ומציעה אווירת לילה אלכוהולית
ומשוחררת. לצד תפריט האלכוהול העשיר ותפריט המסעדה מוגש בחמארה תפריט בר מיוחד של מנות קטנות ומלווי אלכוהול קלאסיים.
בצהרי שישי ושבת מוגש בחמארה תפריט "קבלת שבת". התפריט כולל מבחר מנות ראשונות ומזטים ממיטב מטבחי הים התיכון, המוגשים למרכז השולחן, ומנה עיקרית לבחירה.
ההפרדה המוחלטת מחלל המסעדה מאפשרת עישון בחלל הבר.
המקצוענות נטולת הפשרות והמסורת הקולינרית העשירה של המטבח העילי האירופאי.

בשנת 2000, בהיותו בן 23, חזר רפי לארץ ומונה לשף  מסעדת "לה רג'אנס" שבמלון "קינג דיוויד" בירושלים, השף הצעיר ביותר שמונה אי פעם למשרה היוקרתית.
בניצוחו הפכה המסעדה הכשרה לאחת מהמסעדות המובילות בארץ.

בשנת 2001 פתח השף כהן את את מסעדת "רפאל" בתל אביב. מיום פתיחתה זכתה המסעדה להצלחה חסרת תקדים בקרב המבקרים  והקהל הרחב, והפכה בשמונה שנות קיומה לאחד ממוסדות האוכל  הנחשבים והמוערכים בישראל.
בחמארה של רפאל יש אפשרות לשימוש באינטרנט אלחוטי.